关于天珠，每一个藏族人都可能讲出不同的传说和故事。每一个传说都比天珠本身更绚丽，现在流传的各种版本的天珠传说，涵盖了宗教、历史、天文、地理、医学等各个方面，人们在这些领域都能寻获天珠的影子，但任何一个领域都无法诠释天珠，谜一样的身世困扰了一代又一代人。天珠赞：天降灵石雪域藏，流星玛瑙闪玉光。思怡密码形日月，十三念神赋吉祥。藏祖仙人之磨研，驱魔消灾保安康。古今渡客真诚意，灵珠宝光护佛航。在藏人心中天珠是： 1、天珠为远古时期的浮游生物化石。远古时期，西藏是波浪滔天的海洋，被称为「古地中海」或「特提斯海」。天珠原是海里的浮游生物，像贝类海螺一样，具有外壳与肉身，而能自由移动。后来经过著名的喜马拉雅山造山运动而隆起变陆地，这种浮游生物因缺水导致肉身干枯而死，其外壳成为天珠。2 、在西藏最广为流传的一种说法：天珠是由「虫」所固化而成。天珠是由「」所固化而成。藏人骑马时遇上此「虫」，「虫」将会停止移动，发现时须马上抓起地上的砂子往「虫」的身上洒，那「虫」将会固化成天珠；如果没洒中，那「虫」必定会消失不见。又如藏人在同一地点挖掘出大量天珠时，便会宣称挖掘到「虫」穴，也就是发现天珠穴。更有藏人宣称，天珠出土时皆为活「虫」，必定会蠕动一阵子后才会静止，固化成天珠3 、天珠是由天珠泉所固化而成。古时在鲁多克 (Rudok) 附近的高山中，有一处天珠泉，相传经由具有好「业」的人触摸，泉水便会固化形成天珠，据说天珠流动如山泉，被一名妇人施法于天珠泉，后来天珠泉就不再流动了。在藏区民间流传关于天珠的神秘传说： 1、 神话色彩传说 相传在公元三千多年，喜马拉雅山地区，发生空前大瘟疫，老百姓死伤无数，灾情十分惨重。当时文殊菩萨的前身「曼殊室利佛」正好经过喜马拉雅山上空，亲眼目睹百姓遭受瘟疫荼毒的惨况，心中顿时无限悲悯，便撒下「天华」救渡遍地灾黎。撒下的「天华」坠落田间、原野或山区，凡是捡到「天华」的灾民，疫病就渐渐好转乃至于痊愈。当时撒下的「天华」正是目前所称的天珠。 天珠所到之处瘟疫全无、能为人转厄运为吉祥、并有保护之功用 。2、 格萨尔王与天珠传说众人皆知真正开启天珠宝藏者，是格萨珍宝伏敌或称格萨尔王。格萨尔王攻打阿札玛瑙国，战事节节获胜之际，阿札王同意无条件投降，格萨尔王和平降伏阿札王臣入主该国后，在尼泊尔里域接近冈底斯山的一个地方，从 " 呻吟金石青蛙 " 下，得到埋藏宝藏的地点，从白、红、黄、蓝、绿各湖之中之砗磲、青白玛瑙、松耳石、青金石、红宝石的五宝盒中取获达洛（虎纹）、策布喀醉间（相似长寿瓶）、剎千、剎仁、剎琼、剎通等合起来共取出一百一十２万零五千六百颗天珠宝藏，之后将一部分天珠献给天、龙、妖三者，和西藏地主所居的四大山，最后再分发给战士及百姓，剩余的天珠分别埋藏在各地做为未来西藏财富受用的根基，并吩咐地主保管。
3、金刚亥母传说西藏地区早年流行大瘟疫，生灵涂炭，人生活陷入极大苦难中，幸蒙智尊金刚亥母，悲悯藏人，在天上修法，降下法宝天珠，有缘得到者，一切病灾难厄运等，皆能消除并转危为安。 在藏传佛教传入西藏之前，藏族原始宗教『苯教』的法师会基于某种目的不详的法会，穿著人头盖骨作成的衣服，在墓园里修行，修行到了一定境界就会有天珠掉落。而天珠正是苯教的除魔法器。可惜苯教密法大多失传，已没人知道天珠的奥妙何在。
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